PaísesPaíses operam como entidades políticas separadas e são, presumivelmente, todas monarquias, governado pelo daimyo, que estão na mesma classificação do Kage das aldeias ocultas. O mundo é semelhante ao Japão feudal em vários aspectos; esses países mantêm o equilíbrio entre si através de nada além de poder. Tratados são periodicamente assinados, mas eles geralmente não vale muito mais do que o papel em que estão escritas. O mundo contém vários países, entre eles tem os cinco grandes ( Fogo, Vento, Água, Terra e Trovão ) e os países mais pequenos.
País do FogoÉ um dos maiores e mais poderosos países, é também como se fosse uma capital. Seu líder governamental é o Daimyō do Fogo. O País do Fogo foi o primeiro país a adotar uma aldeia ninja, Konohagakure, um costume que em breve outros países vieram a adotar. O País do Fogo é apropriadamente orientado para o elemento fogo, normalmente tendo um clima muito brilhante e quente. Embora não seja o maior país fisicamente, tem a maior aldeia oculta.
País da ÁguaÉ composto por muitas ilhas, com cada uma tendo suas próprias tradições únicas. O clima do país é tipicamente frio e as ilhas são geralmente cobertos pela névoa. As ilhas em si também têm muitos lagos. Em alguns lugares, como a área onde Haku cresceu, ele é muito frio e neva um pouco. A nação é orientada para o elemento água. Seu líder governamental é o Daimyō do País da Água.
País da TerraEle está localizado a noroeste do País do Fogo. Seu líder governamental é o Daimyō da Terra. O país é maioritariamente composto por áreas rochosas, desoladas. A fronteira do País da Terra é executada ao longo de uma cadeia de montanhas rochosas, bloqueando a comunicação com outros países. O vento sopra do norte e passa sobre estas montanhas, carregando pequenas pedras do País da Terra para os países vizinhos. Este famoso fenômeno natural é chamado de "Chuva de Rocha".
País do TrovãoEstá localizado em uma península a noroeste do País do Fogo e é um dos Cinco Grandes Países Shinobi. Seu líder governamental é o Daimyō do Trovão. No centro do país estão grandes cadeias de montanhas, cujas muitas tempestades são ditas dar o nome ao país. A partir dessas cadeias de montanhas, muitos rios correm para o mar, criando um litoral muito torto que exibe uma impressionante beleza oceânica. Existem muitas fontes termais localizadas dentro do país.
País do VentoEle está localizado a sudoeste do País do Fogo e faz fronteira com o País dos Rios e Amegakure. Seu líder governamental é o Daimyō do Vento. O país abrange uma vasta área, mas esse reino é composto em grande parte por desertos. Porque há muito pouca chuva durante todo o ano, os habitantes do país vivem em aldeias construídas sobre um dos muitos oásis do deserto. Apesar das condições ambientais do país serem extremamente duras, ele tem uma grande população. Embora tenham guerreado um com o outro no passado, o País do Vento está em boas relações com o País do Fogo, com um grande acordo comercial acontecendo entre os dois países.
País do SomÉ um país vizinho do País do Fogo. É um país relativamente novo na cena política, embora tenha existido durante algum tempo, sob o nome do País dos Campos de Arroz.
País das OndasÉ uma nação localizada em uma ilha perto do País do Fogo, e ele não tem uma vila ninja, confiando em buscar de assistência de outras vilas ninja, como Konohagakure.
País do FerroÉ um país gelado e coberto de neve. É politicamente incomum que se manteve neutro e nunca esteve envolvido em guerras ninja. Na verdade, os shinobi tem uma regra desde muito tempo que eles não iriam mexer com o país. Apesar disso, é dito que o país tem um poder militar extremamente forte, que é ocupado por samurais, em vez de ninja.
País da NeveUm país que é todo coberto por neve e gelo, fazendo ter umas frias temperaturas durante todas as épocas do ano. Sua aldeia oculta é Yukigakure.
Aldeias OcultasAldeias Ocultas são as partes dos países em que os ninja do país residem. Seus líderes estão em igualdade com os senhores que governam os países do qual elas fazem parte. Uma Aldeia Oculta mantém a sua economia treinando seus cidadãos para serem ninjas desde jovens e usando-os como mão de obra em vários missões que outros estariam dispostos a pagar, desde capinar um jardim para um pagamento único e receber um orçamento constante do país no qual ele reside, à ser soldados no caso de o país está envolvido em uma guerra.
Iwagakure ( Aldeia Oculta da Pedra )É a vila oculta do País da Terra. Como um dos cinco grandes países ninja, Iwagakure tem um Kage como seu líder, conhecido como o Tsuchikage. Houve quatro Tsuchikages, o atual é Dante Vale. Iwagakure é bem conhecida pela personalidade de seus shinobi, assim que o Tsuchikage dá uma ordem, os ninjas de Iwa fazem sem hesitar, mesmo que isso signifique a morte.
Kirigakure ( Aldeia Oculta da Névoa )É a vila ninja do País da Água. Como um dos cinco grandes países ninjas, Kirigakure tem um Kage como seu líder, conhecido como Mizukage. Houve seis Mizukages, o atual sendo Ino Eis. Um número invulgarmente elevado de Nukenin parecem originar-se a partir deste país e possui como tal uma classificação única de ANBU conhecidos como Oinin, especificamente encarregados de eliminar esses desertores.
Konohagakure ( Aldeia Oculta da Folha )É a vila oculta do País do Fogo. Como uma das Cinco Grandes Vilas Shinobi, Konohagakure tem um Kage como seu líder conhecido como Hokage. Houve cinco Hokage, o mais recente é Ryo Katzenstark. Em uma montanha com vista para a aldeia do norte existe o Monumento Hokage. Apesar de Konoha, muito parecido com o país em que reside, tem sido relativamente pacífica desde o fim da Terceira Guerra Mundial Ninja, continua a ser uma das aldeias mais potentes que existem, e tem grande poder militar e influência.
Kumogakure ( Aldeia Oculta da Nuvem )É a vila oculta do País do Relâmpago. Como uma das Cinco Grandes Vilas Shinobi, Kumogakure tem um Kage como o seu líder, conhecido como Raikage. Houveram quatro Raikages, sendo o mais recente Laxus Drayer. A aldeia está localizada em uma cadeia de montanhas altas, e é, literalmente escondida nas nuvens. O Raikage trabalha em uma grande estrutura azul incorporada na montanha mais alta.
Sunagakure ( Aldeia da Areia )É a vila oculta do País do Vento. Como um dos Cinco Grandes Países Shinobi, Sunagakure tem um Kage como seu líder conhecido como Kazekage, que reside numa estrutura esférica no centro da vila. Houve três Kazekage, o mais recente sendo António Ósaki. Shinobis dessa vila acreditam que o cumprimento de uma missão prevalece sobre as vidas dos ninjas tentando cumpri-la. E como tal, eles são conhecidos por serem impiedosos na batalha, significando para eles que a falha não é uma opção. Caso a falha parecer inevitável, um Suna-nin tentaria quase certamente obter algum sucesso de uma maneira ou outra.
Amegakure ( Aldeia Oculta da Chuva )É uma pequena aldeia oculta, altamente industrializada, localizada em um país desconhecido. Sua arquitetura é composta de vários arranha-céus metálicos com dutos ligados a eles, e linhas de energia labirínticas. Uma série de pequenas aldeias também envolvem Amegakure. Como o próprio nome sugere, chove quase constantemente devido a uma tempestade por cima da aldeia.
Takigakure ( Aldeia Oculta da Cachoeira )É uma vila situada no aís da cachoeira. Em termos de aparência da aldeia, Takigakure parece basear-se na maior parte da estética do Sudeste Asiático. Seu líder atual é desconhecido.
Kusagakure ( Aldeia Oculta da Grama )Está localizada em um país desconhecido. Já que vários gennis participam dos Exames Chūnin organizados por Konohagakure, pode-se dizer que as duas aldeias são aliadas.
Otogakure ( Aldeia Oculta do Som )É chamado de apenas Oto, fundada com o propósito expresso de coletar ninjas para suas experiências e sua busca para aprender todas as técnicas.
Uzushiogakure ( Aldeia Oculta do Remoinho )É a vila shinobi do País do Redemoinho. Seus ninjas são famosos por suas técnicas de fūinjutsu. Um dos clãs mais conhecidos e o mais forte daqui é o clã Uzumaki.
Yukigakure ( Aldeia Oculta da Neve )Está localizado no País da Neve. Seus ninjas aparentemente são especializados na manipulação de gelo pré-existente.
Vila Takumi ( Vila dos Artesãos )É uma vila que reside no País dos Rios. Foi fundada cerca de cem anos. Takumi é conhecida por suas habilidades em fazer armas, muitas das quais são vendidos para as vilas ninja do mundo.
Vila Jomae ( Vila da Fechadura )É uma vila que aparece somente no anime que fica localizada no País das Chaves. Os ninjas dessa vila são especialistas em espionagem, a fim de obter informações para negociações com maiores e mais poderosas nações.